De aanleg van de Betuwelijn valt voor de belastingbetaler tot dusverre acht keer zo duur uit als aanvankelijk voorzien. Van deze kostenstijging is tweederde een direct gevolg van politieke keuzes door kabinet en Tweede Kamer. Een kwart wordt veroorzaakt door inflatie. Zeven procent is te wijten aan aanpassingen tijdens de bouw, alsmede mee- en tegenvallers. Dit blijkt uit een inventarisatie van de kostenontwikkeling van het nieuwe goederenspoor die deze krant heeft gemaakt op basis van Kamerstukken en de dertien tot dusverre gepubliceerde voortgangsrapportages. Het eerste beleidsdocument dat melding maakt van de Betuwelijn voor goederenvervoer is het Structuurschema Verkeer en Vervoer uit 1990. Hierin werd het project geraamd op 1,1 miljard euro (2,5 miljard gulden), waarvan de helft door de belastingbetaler en de andere helft door private financiers zou moeten worden opgebracht. De rekening voor de staat stond in 1990 dus op 550 miljoen euro. Inmiddels staat de teller op 4,7 miljard euro, ruim acht keer zo veel.
In het oorspronkelijke plan hoorde de Havenspoorlijn van de Maasvlakte naar het rangeerterrein Kijfhoek bij Zwijndrecht er nog niet bij. Deze uitbreiding van het project verhoogde de kosten in 1992 met een miljard euro. Hierna waren het vooral inpassingsmaatregelen als tunnels en geluidwerende voorzieningen die de prijs verder opdreven.